歯周病の原因は、プラーク中の細菌です。口腔内清掃が十分に行われていないと、むし歯だけでなく歯周病になるリスクが高くなります。
歯周組織破壊の病因となる歯周病菌は、むし歯の原因となるむし歯菌とは異なります。そのため、むし歯にはなりにくいのに、歯周病が進行している患者さんもいます。

歯周病菌は、空気に触れないところで生息する嫌気性菌（けんきせいきん）です。ポケットが深くなるほど、細菌にとって好ましい環境であり、歯周病菌の割合・数が増えることが臨床研究で報告されています。
適切な治療がされなければ、ポケット内で細菌は繁殖し、炎症を重症化させてしまいます。